Quimper Bretagne Occidentale a la compétence déchets depuis le 1er janvier 1998. Elle assure la collecte des déchets ménagers, ainsi que la collecte sélective sur l'ensemble des quatorze communes de l'agglomération (Briec, Edern, Ergué-Gabéric, Guengat, Landrévarzec, Langolen, Landudal, Locronan, Plogonnec, Plomelin, Plonéis, Pluguffan, Quéménéven et Quimper).
En terme de traitement, Quimper Bretagne Occidentale adhère au Sidepaq (Syndicat intercommunal pour l'incinération des déchets du pays de Quimper) qui traite la fraction d'ordures ménagères non recyclables au sein de l'usine de valorisation énergétique, située à Briec.
Les collectes sélectives sont dirigées sur le centre d'Ecotri situé à Saint-Evarzec.
Une partie des prestations relatives à la gestion des déchets est confié à des sociétés privées, après appel d'offres. Le partenaire principal est la société Veolia Environnement.
Les cinq communes de l’ancien Pays Glazik sont quant à elles collectées en régie.
Quimper Bretagne Occidentale a également conservé en régie la gestion du parc de conteneurs pour la collecte des déchets ménagers et la collecte sélective.
La commission en charge de la compétence déchets, qui gère l'ensemble de ce service à la population, est sous la présidence de Daniel LE BIGOT, 7e vice-président de Quimper Bretagne Occidentale, conseiller municipal de Quimper.
Le service en charge de la collecte et du traitement des ordures ménagères est basé aux services techniques de la ville de Quimper, rue Jules Verne.